لجامعة السودان للعلوم والتكنولوجيا تاريخ عريق من مراحل التطور الأكاديمي منذ العام 1902م على نهج منظومة التعليم العالي والجامعات السودانية، كأول مؤسسة تنهض وفق برامج التعليم التقني والفني، لتضم في مراحل تطورها المعرفي والعلمي قطاع العلوم الهندسية، بجانب قطاع العلوم الزراعية والحيوانية، وقطاع العلوم الانسانية والطبيعية، وقطاع العلوم الطبية، مما جعل الجامعة في مصاف الجامعات المتقدمة في أفريقيا والعالم العربي لتنوع برامجها الهادفة إلى تلبية حاجات الوطن والانسان من خلال الدراسات والبرامج والورش والمؤتمرات البحثية والمستقبلية.

 بدأت أمانة الشؤون العلمية مكتباً للسكرتير الأكاديمي بمعهد الكليات التكنولوجية وكانت تعني باعمال السكرتاريه للمجلس الأكاديمي وبتأهيل وتدريب أعضاء هيئة التدريس.وعند قيام جامعة السودان للعلوم والتكنولوجيا عام 1990م حول المكتب إلى أمانة الشؤون العلمية وظل يعمل وبنفس التكوين وبذات المقر إلى  الآن.

ويتركز عمل أمانة الشؤون العلمية أساساً في ثلاثة مجالات هي:

1. الإشراف على قبول وتسجيل فئات الطلاب المختلفة عام –خاص-تجسير-إنتساب بالجامعة وما يتبع ذلك من إجراءات التحويل من قسم لآخر ومن كلية إلى أخرى ومن الجامعات الأخرى إلى الجامعة بالإضافة إلى إستخراج الشهادات التي تمنح لخريجي الجامعة وحفظ السجلات والإحصاءات بذلك. وهذا يستدعي متابعة لصيقة لإجراءات القبول والتسجيل مع مسجلي الكليات المختلفة والإدارة العامة للقبول وتقويم وتوثيق الشهادات والإدارة العامة للعلاقات الخارجية والتدريب.
2. القيام بالإشراف على إجراءات تأهيل وتدريب أعضاء هيئة التدريس ومساعديهم أكاديمياً داخل القطر وخارجه سواء كان على نظام البعثات الجزئية او الكاملة، وبرامج تدريبهم داخلياً وخارجياً والإشراف على المؤتمرات والمشاركات الخارجية لهم إلى جانب ذلك تقوم الأمانه بالإشراف على تدريب وتأهيل التقنيين  والموظفين والعمال داخلياً وخارجياً إضافة إلى  دورات رفع الكفاءة.
3. القيام بأعباء الشؤون الأكاديمية المتمثلة فى أعمال سكرتارية مجلس الأساتذة ولجانه الدائمة )) لجنة الامتحانات المركزية ولجنة الشؤون الأكاديمية ولجنة القبول والتسجيل( ولجنة التدريب المركزية ولجنة الترقيات ولجنة دراسة ما بعد الدكتوراه ولجنة التفرغ السبتي(( المختصة بإنشاء البرامج الدراسية وتطويرها وبتقويم وإجازة أداء الطلاب في الإمتحانات ووضع أسس قبول وتسجيل الطلاب والإشراف على تطبيقها ومن ثم عرض أعمال اللجان على مجلس الأساتذة لإعتمادها. وتقوم أيضاً بأعباء سكرتارية لجنة السياسات وترقية المستويات الأكاديمية التي تعد مقترحات مجلس الأساتذة الخاصة بإنشاء أو إلغاء الوحدات بالجامعة وهيكلتها أو إعادة هيكلتها للعرض على مجلس الجامعة للإجازة.