تأسس قسم هندسة النقل والتكرير بجامعة السودان للعلوم والتكنولوجيا امتدادًا للتطور الأكاديمي التاريخي للتخصصات النفطية في الكلية، والتي بدأت بتأسيس قسم هندسة النفط عام 1991م كأول قسم متخصص من نوعه في السودان. ومع توسع الصناعة النفطية والحاجة إلى تخصصات دقيقة في عمليات المعالجة واللوجستيات، ترفّع القسم في عام 2004م ضمن هيكل "كلية هندسة وتكنولوجيا النفط" (والتي تُعرف حالياً بـكلية هندسة النفط والتعدين)، ليصبح ركيزة أساسية في تأهيل الكوادر الفنية للهندسية والنقل والتكرير.

تتركز رسالة القسم في إعداد مهندسين وتقنيين متميزين ومواكبين للتطور التكنولوجي المتسارع في مجالات نقل وتكرير النفط والغاز الطبيعي. ويهدف المنهج الأكاديمي إلى تغطية الاحتياجات الفعلية لسوق العمل والصناعة النفطية، مع التركيز على المهارات التطبيقية والتجارب المعملية والميدانية، إضافة إلى إتاحة الفرص لترقية حملة الدبلومات التقنية لنيل درجة البكالوريوس التكنولوجي وتطوير قدراتهم المهنية داخل البلاد.

يقدم القسم برنامجين متميزين لمرحلة البكالوريوس: بكالوريوس العلوم (شرف) في هندسة نقل وتكرير النفط، وبكالوريوس التكنولوجيا في هندسة نقل وتكرير النفط، إلى جانب إشرافه الفني على برامج الدبلوم ومساهمته الجوهرية في إدارة برامج الماجستير والدكتوراه المتخصصة.

تغطي المقررات الدراسية محاور هندسية وتقنية متعددة تضمن شمولية المعرفة لدى الخريج؛ إذ تشمل تقنيات نقل وتخزين النفط والغاز وشبكات الأنابيب، وعمليات التكرير والبتروكيماويات وحركية التفاعلات، إلى جانب هندسة معالجة الغاز الطبيعي. كما يتناول البرنامج العلوم الهندسية المساندة كالديناميكا الحرارية، ونقل الحرارة والكتلة، والتحكم ومحاكاة العمليات، والسلامة والهندسة البيئية. ويكتمل هذا الإعداد الأكاديمي بالتزام الطالب بإنجاز تدريب ميداني مكثف في المواقع النفطية ومصافي التكرير، بالإضافة إلى تقديم مشروع تخرج تطبيقي يعالج مشكلات هندسية واقعية.