قسم هندسة موارد المياه هو التطور الطبيعي لمعهد ود المقبول لفني علوم الأرض، فبعد ضم المعهد للتعليم العالي ضمن منظومة كليات جامعة السودان للعلوم والتكنولوجيا في أواسط التسعينات تم تحويله لكلية علوم وتكنولوجيا المياه حيث تعطي البكالوريوس في تخصصي المياه الجوفية والحفر والمياه السطحية وإمداد المياه، وعند تحويل الكلية من علوم إلى هندسة وبعد التشاور مع المجالس المهنية المختلفة والجهات الاستشارية متمثلة في المخدمين تقرر دمج التخصصين تحت اسم هندسة موارد المياه وأنشئ القسم بهذا الاسم. ويقوم القسم بمنح درجة البكالوريوس مرتبة الشرف في 10 فصول دراسية.
إن برنامج البكالوريوس في هندسة موارد المياه مجاز كما أن خريج هذا التخصص معترف به من قبل المجلس الهندسي حتى العام 2018 
سوف يصبح قسم هندسة موارد المياه مركزاً للإشعاع العلمي في هندسة الموارد المائية ويقدم تعليماً متميزاً ومن الدرجة الأولي ورائداً في أبحاث المياه وذلك لتطوير الموارد المائية وخدمة المجتمع في السودان وأفريقيا والعالم بإذن الله تعالي.
للقسم رؤية ورسالة واهداف ومخرجات تعلم مستهدفة لكل برنامج من برامجه المجازة.
عدد طلاب القسم الآن: 364 طالباً وطالبة
كان النظام المتبع بالقسم هو النظام الفصلي حتى العام 2007م وفقاً للوائح الامتحانات للعام 1996م والعام 2006م ثم بعد ذلك في العام 2008م تحول النظام إلى نظام الساعات المعتمدة نظام. حيث تم إصدار (لوائح ونظم الامتحانات للساعات المعتمدة 2008م)