بدأت كلية هندسة المياه والبيئة في صورتها الأولى كمركز للتدريب على أعمال حفر آبار المياه الجوفية عام 1962 وتم تدريب فنيين تمت على أيديهم سودنة مهنة الحفر. في عام 1968 قّبلت أول دفعة تحت اسم (معهد ود المقبول لهندسة الحفر). وفي عام 1970 تم استيعاب الدفعة الثانية تخصص حفر آبار المياه والدفعة الأولى تخصص المساحة والرسم الهيدروليكي (مياه سطحية). وفي عام 1974 تم استيعاب دفعة من الإقليم الجنوبي بنظام السنتين. غّيرت تسمية المعهد إلى (معهد ود المقبول لفنيي المياه الجوفية) في عام 1976 وأصبح يضم 4 شعب بنظام دبلوم 3 سنوات وهي:

(‌أ)     شعبة حفر آبار المياه الجوفية

(‌ب) 2شعبة المساحة والرسم الهيدروليكي

(‌ج)  شعبة أبحاث المياه الجوفية

(‌د)4شعبة تركيب محطات وتوصيل شبكات المياه.

في العام 1994 ضم المعهد لجامعة السودان للعلوم والتكنولوجيا (كلية علوم الأرض) ثم تم تغيير الاسم إلى كلية علوم وتكنولوجيا المياه لتمنح درجة البكالوريوس في علوم وتكنولوجيا المياه بتخصصين:

(‌أ)تخصص المياه السطحية وإمداد المياه.

(‌ب) تخصص المياه الجوفية والحفر.  

وقبلت أول دفعة للبكالوريوس للعام الدراسي 2000-2001م. وفي عام 2006 تم تحويل الكلية من كلية علوم إلى كلية هندسة وتم إلغاء تخصص المياه الجوفية والحفر وتخصص المياه السطحية وإمداد المياه وإجازة برنامجين آخرين هما:

(‌أ)هندسة موارد المياه.

(‌ب) الهندسة البيئية.

في العام 2007 عدل اسم الكلية ليصبح كلية هندسة المياه والبيئة حيث كان القبول للكلية يتم لقسم واحد هو قسم هندسة موارد المياه حتى العام 2007م، حيث تم في العام 2008 قبول أول دفعة للبكالوريوس في الهندسة البيئية من الإدارة العامة للقبول.

اعترف ببرنامج هندسة موارد المياه من المجلس الهندسي السوداني في اجتماع المجلس بالقرار رقم 8/11/104) بتاريخ 24/4/2008م (قرارات المجلس الهندسي 2008)

كما جدد الاعتراف ببرنامج هندسة موارد المياه والاعتراف ببرنامج الهندسة البيئية من المجلس الهندسي السوداني في اجتماع المجلس رقم (26) بتاريخ 25/8/21013م) بتاريخ 24/4/2008م (قرارات المجلس الهندسي 2013).