يعد قسم الكيمياء الصيدلانية احد الاقسام الاكاديمية الرئيسة بكلية الصيدلة وقد تاسس مع انشاء الكلية عام 2017.
يضطلع القسم بدور محوري في اعداد صيادلة مؤهلين يمتلكون المعرفة والمهارات العلمية في مجالات الكيمياء العضوية والكيمياء التحليلية والتحليل الصيدلاني والكيمياء الدوائية  وضبط ورقابة جودة الادوية.

يسهم القسم في تاهيل الطلاب لفهم تصميم، اكتشاف، وتطوير الادوية، كما يهتم بدراسة العلاقة بين التركيب الكيميائي والنشاط الدوائي.
اضافة الى ذلك يهتم القسم  بتطوير وتطبيق الطرق التحليلية علي اشكال الأدوية المختلفة لضمان جودة وسلامة المستحضرات الصيدلانية كما يولي القسم اهتماما بالبحث العلمي في مجالات الكيمياء الدوائية والتحليلية ويشجع الابتكار وخدمة المجتمع ويسعى الى تطوير البرامج الاكاديمية بما يواكب معايير الجودة واحتياجات سوق العمل.