أنشئ هذا القسم في عام 1999م ويمنح الدرجات التالية: 1- بكالريوس طب وجراحة الحيوان. 2- ماجستير الجراحة البيطرية بالمقررات والبحث التكميلي. 3- ماجستير الطب الوقائي. 4- ماجستير في الطب البيطري بالبحث في أي من مواد التخصص. 5- دكتوراة في الفلسفة بالبحث في أي من مواد التخصص. يقدم الخدمات العلاجية لمنطقة شرق النيل من خلال المستشفى البيطري التعليمي.