أُنشئت كلية العلوم  عقب صدور القرار الجمهوري القاضي بتحويل معهد الكليات التكنولوجية إلى جامعة السودان  للعلوم والتكنولوجيا في العـــام1990م. ضمت آنذاك الأقسام: 
الرياضيات، الحاسوب، تكنولوجيا المعامــــل، الكيمياء، والفيزياء. بالإضافة إلى الجيولوجيا  والإحصاء والأحياء كأقسام مقترحة  إكتمل إنشاء  قسم الإحصاء التطبيقي في العام 1997. تم ترفيع قسم تكنولوجيا المختبرات الطبية و العلمية  إلى كلية المختبرات الطبية و العلمية واستقلت بذاتها في العام 2002 م. كما تم ترفيع قسم علوم الحاسوب في العام 2003م إلى كلية علوم الحاسوب  و تقانة المعلومات. وأخيراً وفي إطار عمليات التحديث و المراجعة  أعيد قسم المختبرات العلمية إلى كلية العلوم في  العام 2005م .
وتمت إضافة أقسام جديدة وهي: الجيولوجيا وعلم النبات في العام 2015م وأخيراً تم إنشاء  قسمي علم الحيوان والكيمياء الحيوية في العام 2017م. أخيراً تمت إجازة برنامج  بكالريوس (شرف) الإرصاد الجوي في مجلس الأساتذة، لكن تم تجميده لحين إكمال التجهيزات  اللازمة.