أُنشئت كلية العلوم عقب صدور القرار الجمهوري القاضي بتحويل معهد الكليات التكنولوجية إلى جامعة السودان للعلوم والتكنولوجيا في العـــام1990. ضمت آنذاك الأقسام: الرياضيات، الحاسوب، تكنولوجيا المعامــــل، الكيمياء، والفيزياء. بالإضافة إلى الجيولوجيا والإحصاء والأحياء كأقسام مقترحة إكتمل إنشاء قسم الإحصاء التطبيقي في العام 1997. تم ترفيع قسم تكنولوجيا المختبرات الطبية و العلمية إلى كلية المختبرات الطبية و العلمية واستقلت بذاتها في العام 2002 . كما تم ترفيع قسم علوم الحاسوب في العام 2003 إلى كلية علوم الحاسوب و تقانة المعلومات. وأخيراً وفي إطار عمليات التحديث و المراجعة أعيد قسم المختبرات العلمية إلى كلية العلوم في العام 2005 .
تم إنشاء أقسام الجيولوجيا وعلم النبات وعلم الحيوان والكيمياء الحيوية في العام 2015م. تم إنشاء مركز الإختبارات اللاإتلافية تحت مظلة كلية العلوم في العام 2013.