lأنشئت كلية الهندسة عام 1975 بتجميع ستة معاهد مستقلة و هي: l معهد المعلمين الفنيين lمعهد الفنيين للهندسة المدنية و المعمار l معهد الفنيين للهندسة الميكانيكية و الكهرباء l معهد فني الغزل و النسيج l معهد فني المساحة l معهد فني المعامل. l أصبحت هذه المعاهد أقساما للكلية التي سميت كلية الدراسات الهندسية و العلمية آنذاك. lقامت الكلية بإدخال برامج البكالوريوس إبتداءاَ من عام 1983م. lفي عام 1990م وبعد أن تحول معهد الكليات التكنولوجية إلى جامعة السودان للعلوم و التكنولوجيا بدءات الكلية تتوسع بإضافة أقسام جديدة مثل هندسة الطيران و النفط و العلوم العامة و الهندسة الطبية الحيوية. lثم سميت الكلية باسمها الحالي كلية الهندسة. lفي عام 2005 تمت إضافة أقسام هندسة الجلود و البلاستيك التي كانت كانت تتبع إدارياً لقسم هندسة النسيج و تكنولوجيا الصناعات. lأخيراً أجاز مجلس الاساتذة فى دورة مارس 2007 قسمى الهندسة الكيميائية و الهندسة النووية ليصبح بذلك عدد الاقسام الاكاديمية 13 قسماً.
كلية الهندسة (الخرطوم – العمارات شارع 61) :
تمنح الكلية درجة بكالوريوس الهندسة مرتبة الشرف في عشرة فصول دراسية في أحد التخصصات التالية :
أ. الهندسة الميكانيكية : هندسة (إنتاج – قوى) .
ب. الهندسة الكهربائية : هندسة (تحكم – قوى وماكينات) .
ج. الهندسة المدنية : هندسة (إنشاءات - طرق ونقل – ري ومياه – تشييد) .
 د. الهندسة الإلكترونية : هندسة (إتصالات – حاسوب – الكترونيات صناعية) .
هـ. هندسة الطيران : هندسة (إلكترونات الطيران – الدفع "المحركات" – الهياكل وتصميم النظم) .
و. الهندسة الطبية الحيوية .                     ز. الهندسة الكيميائية .
ح. الهندسة النووية .                           ط. هندسة المساحة .
ي. هندسة النسيج : (تخصص إنتاج المنسوجات – تخصص صناعة الملبوسات الجاهزة ) ويتم توزيع الطلبة بعد نهاية السنة الثالثة (الفصل الدراسي السادس) بناءً على الرغبة والأداء الأكاديمي .
ك. هندسة البلاستيك .                          ل. هندسة الجلود .
يتم التوزيع على التخصصات الفرعية في الهندسة بناءً على الرغبة والأداء الأكاديمي .