تم في عام 1991م إنشاء قسم الحاسوب في كلية العلوم ليتم فيه تدريس مقررات بمستوى البكالريوس في علوم الحاسوب ومستوى الدبلوم في علوم الحاسوب. في عام 2001م قام القسم بطرح برامج الدراسات العليا وذلك في كل من: - الدبلوم فوق الجامعي (التحويلي) في علوم الحاسوب: والذي يتم فيه قبول حملة البكالريوس في تخصصات غير الحاسوب وذلك بغرض إعداد الطلاب للإستمرار في مجال الحاسوب وربطه بتخصصاتهم الأصلية. - الماجستير في علوم الحاسوب: وذلك في برنامج مدته 3 فصول دراسية بما في ذلك بحث التخرج. في عام 2001م قامت لجنة دراسات الحاسوب بوزارة التعليم العالي والبحث العلمي بإختيار قسم الحاسوب-كلية العلوم بجامعة السودان للعلوم والتكنولوجيا كمركز تميز في تقانة المعلومات وذلك بإجماع كل أعضاء اللجنة لما لمسوه من مستوى متطور للقسم